WhatsApp menggunakan sistem keamanan enkripsi dari ujung ke ujung atau end-to-end encryption (E2EE) pada platformnya. WhatsApp mengklaim sistem tersebut agar pesan dapat terlindungi saat pengiriman sampai penerimaan dan menghidari adanya pihak ketiga manapun untuk mengintip pesan. Artinya, secara teori, Si pengirim dan penerima pesan saja yang dapat melihat isi pesan. Akan Tetapi, sistem tersebut hanya berlaku untuk perpesanan. Chat tidak lagi mendapat perlindungan enkripsi dari ujung ke ujung, ketika melakukan pencadangan ke cloud atau penyimpanan awan seperti iCloud atau Google Drive .
Contoh salah satu celah keamanan yaitu misalkan mengintip isi pesan yang tersimpan pada penyimpanan awan, Hal itu dapat menjadikan pihak tak bertanggung jawab untuk memanfaatkannya. WhatsApp menyadari celah ini sehingga sistem enkripsi dari ujung ke ujung untuk penyimpanan awan mulai melakukan proses pengujian.
Calon Fitur WhatsApp
Bocoran bakal calon fitur tersebut kerap terdengar dari ungkapan oleh akun Twitter WABetaInfo.
Sementara waktu, hanya untuk pengguna beta versi Android 2.21.15.5 yang baru tersedia untuk uji coba. Ketika fitur enkripsi dari ujung ke ujung diaktifkan, terdapat password yang akan melindungi riwayat chat dan foto yang tersimpan pada cadangan. Password yang terpasang bersifat pribadi dan baik dari pihak manapun termasuk WhatsApp, Google, Facebook, atau Apple tidak mengetahuinya.
Password terdiri dari kombinasi huruf kecil dan angka yang nantinya pengguna wajib untuk membuatnya. Riwayat chat yang tersimpan akan tetap aman meskipun terdapat pihak ketiga yang menyusup ke penyimpanan Google Drive atau iCloud. Sayangnya terdapat kelemahan dari sistem ini, WhatsApp tidak dapat membantu pengguna yang lupa dengan passwordnya, Sehingga pengguna harus lebih hati-hati. Namun, dari pihak WhatsApp belum mengetahui kapan fitur ini akan menggulir ke lebih banyak pengguna publik.